Obseso de venganza contra el Rey de los Juegos, Seto Kaiba comienza una excavación en Egipto para encontrar los fragmentos del Rompecabezas Milenario, que anteriormente contenía el espíritu del "contraparte Yuugi". Sin embargo, un hombre encapuchado roba dos piezas del Puzzle y desaparece antes de que pudiera ser reconstruido. Mientras tanto, ahora en su último año de secundaria, Yuugi Mutou y sus amigos planean su futuro, sin darse cuenta del peligro que acecha cerca. ¡Yu☆Gi☆Oh! El Lado Oscuro de las Dimensiones cuenta la historia de fuerzas vindicativas que distorsionan la realidad a su antojo. ¿Lograrán Seto y Yuugi superar sus diferencias y salvar el mundo, o la propia avaricia de Seto se interpondrá en su camino?
