Invasores alienígenas toman control de Great Mazinger, que se encuentra en la entrada de un museo junto a Mazinger Z como símbolos de paz. Grendizer lucha contra los malvados invasores y Great Mazinger es recuperado. Cuando el imperio Vegan despacha a un nuevo general para supervisar la conquista de la Tierra, rápidamente logra capturar a Koji Kabuto y, al enterarse de Great Mazinger a través de interrogaciones, se apodera rápidamente de él en un museo donde se mantenía como símbolo de paz. Ahora depende de Duke Fleed a bordo de Grendizer detener a lo que alguna vez fue el defensor de la humanidad de convertirse en su destructor.
