En el siglo XXI, los extraterrestres han llegado a la Tierra y viven entre los humanos. En la tranquila Enohana, la estudiante empobrecida Chigasaki Mayuko se encuentra viviendo junto a NieA, un extraterrestre de baja casta ("Bajo Siete"). Mientras Mayuko lucha diligentemente por llegar a fin de mes, NieA parece no estar en absoluto preocupada por las consecuencias de sus acciones. A medida que esta extraña pareja desprende chispas inesperadas, la nave nodriza alienígena destrozada se cierne en el fondo.
